Comment faire pour importer, charger sur Matlab les résultats des détecteurs automatiques du logiciel Pamguard.
Détecteur acoustique automatique. Cétologie. Bioinformatique. Bioacoustique. Script.
Cette vidéo a été tournée en le 23 09 2019.
Il se peut que la documentation Pamguard aie été améliorée, corrigée entre-temps.

Comment importer sur Matlab les fichiers pgdf Pamguard, résultats de détection automatique (PAM)

Url à laquelle télécharger les codes .m
https://sourceforge.net/p/pamguard/svn/HEAD/tree/MatlabCode/

Les 2 pdfs documentation de Pamguard
(1)
PAMGUARD Training Tutorial v1_4_03 Sept2017.pdf
https://www.pamguard.org/cms/PAMGUARD%20Training%20Tutorial%20v1_4_03%20Sept2017.pdf
(2)
BinaryfilestructureforPAMGUARDdetectoroutputV4.pdf
https://www.pamguard.org/download/79/BinaryfilestructureforPAMGUARDdetectoroutputV4.pdf

Avis sur l’efficacité du logiciel Pamguard (détection de cétacés)
https://youtu.be/6G0zfq-QQBM

Script modifié (en plus de la modification de la fonction « readWMDData.m »):
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
format long
clear all
cd /home/toto/Bureau/repertoire_resultats_detection_Pamguard/predictions/tout
verbose = 0;
data = [];
dat = [];
fichiers = [];
%d = dirsub(dir, fileMask);
d = dir(‘WhistlesMoans_Whistles_Contours*.pgdf’);
for i = 1:numel(d)
if verbose
if mod(i, verbose) == 0
fprintf(‘Loading %s\n’, d(i).name);
end
end
dat = loadPamguardBinaryFile(d(i).name);
%%readWMDData.m
% if ~isempty(moduleHeader) !!!! J’ai fait sauté ce paragraphe car il me gênait pour charger les résultats de détections de whistles
% data.delays = data.delays / moduleHeader.delayScale;
% end
if ~isempty(dat)
data = [data dat];
end
fichiers = [fichiers repmat({d(i).name(30:44)}, 1, size(dat,2))];
clear dat
end
%les_dates = [data.startSample]’;
%les_dates = [data.millis]’;
les_dates = [data.date]’;
durees = [data.duration]’;
millisecondes = [data.millis]’;

dates_converties=datetime(les_dates,’ConvertFrom’,’datenum’);
dates_converties2 = datevec(dates_converties);

cd /home/toto/Bureau/repertoire_resultats_detection_Pamguard/predictions/
resultat_pred=[dates_converties2 les_dates ([data.identifier]’)];
writematrix(resultat_pred,’toutes_predictions_sifflements.csv’)
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%

Comment fabriquer un détecteur acoustique automatique de sifflements de Dauphins
https://youtu.be/PsCikALVeQw

Mon U T I P
https://utip.io/solutionsdebrouille

F A C E B O O K
https://www.facebook.com/Science-Dr-Dufour-Olivier-2316438282013527/

T W I T T E R
https://twitter.com/dufour_dr

Je suis le Docteur Olivier Dufour.
Références de mon sujet de thèse:
https://www.theses.fr/2016LARE0005


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