Comment importer sur Matlab les fichiers pgdf Pamguard, résultats de détection automatique (PAM)

Comment faire pour importer, charger sur Matlab les résultats des détecteurs automatiques du logiciel Pamguard.
Détecteur acoustique automatique. Cétologie. Bioinformatique. Bioacoustique. Script.
Cette vidéo a été tournée en le 23 09 2019.
Il se peut que la documentation Pamguard aie été améliorée, corrigée entre-temps.

Url à laquelle télécharger les codes .m
https://sourceforge.net/p/pamguard/svn/HEAD/tree/MatlabCode/

Les 2 pdfs documentation de Pamguard
(1)
PAMGUARD Training Tutorial v1_4_03 Sept2017.pdf
https://www.pamguard.org/cms/PAMGUARD%20Training%20Tutorial%20v1_4_03%20Sept2017.pdf
(2)
BinaryfilestructureforPAMGUARDdetectoroutputV4.pdf
https://www.pamguard.org/download/79/BinaryfilestructureforPAMGUARDdetectoroutputV4.pdf

Avis sur l’efficacité du logiciel Pamguard (détection de cétacés)
https://youtu.be/6G0zfq-QQBM

Script modifié (en plus de la modification de la fonction « readWMDData.m »):
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
format long
clear all
cd /home/toto/Bureau/repertoire_resultats_detection_Pamguard/predictions/tout
verbose = 0;
data = [];
dat = [];
fichiers = [];
%d = dirsub(dir, fileMask);
d = dir(‘WhistlesMoans_Whistles_Contours*.pgdf’);
for i = 1:numel(d)
if verbose
if mod(i, verbose) == 0
fprintf(‘Loading %s\n’, d(i).name);
end
end
dat = loadPamguardBinaryFile(d(i).name);
%%readWMDData.m
% if ~isempty(moduleHeader) !!!! J’ai fait sauté ce paragraphe car il me gênait pour charger les résultats de détections de whistles
% data.delays = data.delays / moduleHeader.delayScale;
% end
if ~isempty(dat)
data = [data dat];
end
fichiers = [fichiers repmat({d(i).name(30:44)}, 1, size(dat,2))];
clear dat
end
%les_dates = [data.startSample]’;
%les_dates = [data.millis]’;
les_dates = [data.date]’;
durees = [data.duration]’;
millisecondes = [data.millis]’;

dates_converties=datetime(les_dates,’ConvertFrom’,’datenum’);
dates_converties2 = datevec(dates_converties);

cd /home/toto/Bureau/repertoire_resultats_detection_Pamguard/predictions/
resultat_pred=[dates_converties2 les_dates ([data.identifier]’)];
writematrix(resultat_pred,’toutes_predictions_sifflements.csv’)
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%

Comment fabriquer un détecteur acoustique automatique de sifflements de Dauphins
https://youtu.be/PsCikALVeQw

Mon U T I P
https://utip.io/solutionsdebrouille

F A C E B O O K
https://www.facebook.com/Science-Dr-Dufour-Olivier-2316438282013527/

T W I T T E R
https://twitter.com/dufour_dr

Je suis le Docteur Olivier Dufour.
Références de mon sujet de thèse:
https://www.theses.fr/2016LARE0005