Reconnaissance automatique de sons d’oiseaux et d’insectes. Manuscrit thèse doctorale Olivier Dufour

Bonjour.
Ces derniers mois, je vous ai présenté les articles scientifiques de spécialistes à l’étranger.
Aujourd’hui, je vous parle un peu de mes travaux.
Le temps est venu que je largue sur internet mon manuscrit de thèse.
J’ai eu l’honneur et le plaisir de soutenir ma thèse de doctorat en 2016, dans les locaux du Muséum d’histoire Naturelle de Paris.
Et jusqu’à présent, je l’ai gardé « secrète » car il y a 2 ou 3 grosses coquilles qui me font honte, et que j’aurais aimé corriger.
5 années ont passé, et je n’ai rien fait.
Et entre temps, j’ai perdu le code source .tex du manuscrit.
Je ne peux donc plus le corriger.
Ce serait très stupide que demain je meures par accident, et que le manuscrit soit définitivement perdu.
Surtout que cette thèse contient une expérience scientifique qui place la France en pôle position dans le domaine de la détection acoustique animale automatisée.
Une expérience qui met la pâtée à tout ce que les autres équipes ont pu faire dans le monde.
Et 5 ans plus tard, c’est toujours le cas, à ma connaissance.
Je me permets d’être aussi audacieux dans mes propos pour contrecarrer le manque d’information des français, notamment les jeunes, sur le sujet.
Les spécialistes français sont contraints de publier en anglais.
Résultat des courses, les étudiants français ignorent totalement quand, dans leur propre département, se trouvent parmi les meilleurs spécialistes mondiaux, dans le domaine précis qui les intéresse pour la suite de leur carrière.
Et là, c’est vrai, donc je le dis.
Personne d’autre dans le monde n’a étudié par acoustique automatique des enregistrements continus aussi longs, d’une espèce qui vit dans des milieux aussi isolés et venteux.
Il s’agit de la section 8.3, page 104.
Cette expérience a été rendue possible par un formidable partenariat avec des équipes très différentes.
Le plus gros bureau d’étude environnemental français, Biotope.
Un des meilleurs financeurs de thèse, que je recommande à tous les étudiants francophones, l’ADEME.
Un de meilleurs spécialistes mondiaux des oiseaux pélagiques de l’océan Indien, le Pr Matthieu Le Corre.
Le Dr Benoît Gineste, l’ornithologue qui s’est fait le plus suer à se taper des jours de marche pour aller poser les enregistreurs sur les colonies, dans des conditions difficiles et dangereuses.
Malheureusement, l’article correspondant n’a pas été accepté.
Le journal Ecological Informatics m’a réclamé des corrections.
Que je n’ai pas faites.
Parce que déjà, j’étais financé depuis 6 mois par l’aide au retour à l’emploi de pôle emploi.
Ce qui me pose un problème éthique.
Il fallait bien que je me trouve un salaire, de quoi me payer le gîte et le couvert.
Docteur, 28 ans, travailler gratuitement, au bout de 6 mois, ça commence à casser les pieds.
Et deuxièmement, parce que certaines corrections demandées était ubuesques.
On me demandait notamment, sans sourciller, de redémontrer ce que j’avais déjà démontré dans un article précédent, qui avait déjà été accepté et publié par la même revue « Ecological Informatics ».
La « Tronche en biais » a publié une interview d’un chercheur français bien plus âgé que moi, qui témoigne qu’effectivement, parfois les retour des Journaux à Comité de lecture sont subjectifs et partiaux.
Et bien je confirme.
J’essaierai de retrouver cette interview.
Vous trouverez dans la description sous la vidéo différents moyens de télécharger mon manuscrit gratuitement.
Je vous mettrai aussi conjointement, les rapports de mes 2 rapporteurs de thèse.
Ils s’agit des professeurs Thierry Aubin et Jérôme Sueur.
Je vous mets leurs rapports car ce sont les premières critiques à lire si vous voulez connaître des critiques sérieuses de spécialistes internationalement reconnus.
Cette thèse a consisté en l’utilisation d’outils d’informatiques pour recueillir des informations concernant l’écologie d’espèces animales. L’objectif de départ était d’assembler des algorithmes capables de traiter des enregistrements acoustiques et de détecter, lister et dénombrer les sons éventuellement présents d’insectes, amphibiens et oiseaux. Pour ce faire nous avons testé de manière non exhaustive différents classifieurs et descripteurs de signal audio pour (première partie) organiser et participer à trois concours internationaux de reconnaissance automatique de sons d’animaux et (seconde partie) construire un outil de suivi d’abondance de deux espèces d’oiseaux marins
pélagiques sur l’île de la Réunion. La première moitié de la thèse (chapitre 7) a été dédiée à la construction et au test de modèles de reconnaissance multi classes (92 espèces animales : 82 espèces d’oiseaux (dont 66 passériformes), 9 espèces d’insectes, et 1 espèce d’amphibien, Pelophylax kl. grafi ). La seconde moitié de la thèse (chapitre 8) s’est concentrée sur la construction de détecteurs de cris de deux espèces d’oiseaux protégées dont les colonies sont particulièrement difficiles d’accès et menacées par le développement et les éclairages urbains : Le Pétrel de Barau (Pterodroma baraui, endémique de la Réunion et en danger d’extinction depuis 2008 d’après l’UICN) et le Puffin tropical (Puffinus bailloni ).

Lien pour télécharger gratuitement le manuscrit de thèse « RECONNAISSANCE AUTOMATIQUE DE SONS D’OISEAUX ET D’INSECTES ».
Olivier Dufour, le 18 février 2016, pour l’obtention du grade de Docteur de l’université de la Réunion »:
https://drive.google.com/file/d/1rPhJJMyPIi7ZUWQ_KzYGHbzBRyYJJdwR/view?usp=sharing

Financement/Bourse de thèse ADEME:
https://appelsaprojets.ademe.fr/aap/AAC%20Th%C3%A8ses2020-22

Vidéo de la tronche en biais sur la subjectivité et la partialité des retours des journaux scientifiques à comité de lecture:
Je ne l’ai pas encore retrouvé, si vous voyez de laquelle je parle, pouvez-vous me donner l’url s’il vous plaît?

Références de mon sujet de thèse:
https://www.theses.fr/2016LARE0005

Les articles que j’ai reviewés pour la revue scientifique à comité de lecture « Ecological informatics »:
https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S1574954116301261
https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S1574954117300286
https://arxiv.org/abs/1909.04425
https://cel.archives-ouvertes.fr/LIP6/hal-01488786v1

Série de toutes mes lectures d’articles scientifiques anglais traduits en français:
https://www.youtube.com/playlist?list=PLOQanq3p4_Clc1XMv80x0oJaHc_GgMRo2

F A C E B O O K
https://www.facebook.com/Science-Dr-Dufour-Olivier-2316438282013527/

T W I T T E R
https://twitter.com/dufour_dr


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